Судебная процедура
VIII. Инквизитор допрашивал свидетелей в присутствии секретаря и двух священников, которым было поручено наблюдать, чтобы показания верно записывались, или, по крайней мере, присутствовать, когда они были даны, чтобы выслушивать их при чтении полностью. Это чтение происходило в присутствии свидетелей, у которых спрашивали, признают ли они то, что сейчас им было прочитано. Если преступление или подозрение в ереси было доказано на предварительном следствии, то оговоренного арестовывали и сажали в церковную тюрьму, в случае если в городе не было доминиканского монастыря, который обыкновенно заменял ее. После ареста подсудимый подвергался допросу, и против него тотчас же начиналось дело согласно правилам, причем делалось сравнение его ответов с показаниями предварительного следствия.

IX. В первые времена инквизиции не существовало прокурора, обязанного обвинять подозреваемых лиц; эта формальность судопроизводства выполнялась словесно инквизитором после заслушания свидетелей; сознание обвиняемого служило обвинением и ответом. Если обвиняемый признавал себя виновным в одной ереси, напрасно уверял он, что он не виновен по отношению к другим; ему не разрешалось защищаться, потому что преступление, за которое он был предан суду, было уже доказано. Его спрашивали только, расположен ли он сделать отречение от ереси, в которой признавал себя виновным. Если он соглашался, то его примиряли с Церковью, накладывая на него каноническую епитимью одновременно с каким-нибудь другим наказанием. В противном случае он объявлялся упорным еретиком, и его предавали в руки светской власти с копией приговора.

Х.А. Льоренте. История испанской инквизиции. Том I
Смертная казнь, как и конфискация, была мерою, которую в теории Инквизиция не применяла. Её дело было употребить все усилия, чтобы вернуть еретика в лоно Церкви; если он упорствовал, или если его обращение было притворным, ей нечего было с ним более делать. Как не католик, он не подлежал юрисдикции Церкви, которую он отвергал, и Церковь была вынуждена объявить его еретиком и лишить своего покровительства. Первоначально приговор был только простым осуждением за ересь и сопровождался отлучением от Церкви или объявлением, что виновный не считается более подсудным суду Церкви; иногда добавлялось, что он передаётся светскому суду, что он отпущен на волю — ужасное выражение, обозначавшее, что окончилось уже прямое вмешательство Церкви в его судьбу. С течением времени приговоры стали пространнее; часто уже начинает встречаться замечание, поясняющее, что Церковь ничего не может более сделать, чтобы загладить прегрешения виновного, и передача его в руки светской власти сопровождается следующими знаменательными словами: debita animadversione puniendum, то есть «да будет наказан по заслугам». Лицемерное обращение, в котором Инквизиция заклинала светские власти пощадить жизнь и тело отпавшего, не встречается в старинных приговорах и никогда не формулировалось точно.

Инквизитор Пегна не задумывается признать, что это воззвание к милосердию было пустою формальностью, и объясняет, что к нему прибегали только с той целью, чтобы не казалось, что инквизиторы согласны на пролитие крови, так как это было бы нарушением канонических правил. Но в то же время Церковь зорко следила за тем, чтобы её резолюция не толковалась превратно. Она поучала, что не может быть и речи о каком-либо снисхождении, если еретик не раскается и не засвидетельствует своей искренности выдачей всех своих единомышленников. Неумолимая логика св. Фомы Аквината ясно установила, что светская власть не могла не предавать еретиков смерти, и что только вследствие своей безграничной любви Церковь могла два раза обращаться к еретикам со словами убеждения раньше, чем предать их в руки светской власти на заслуженное наказание. Сами инквизиторы нисколько не скрывали этого и постоянно учили, что осужденный ими еретик должен быть предан смерти; это видно, между прочим, из того, что они воздерживались произносить свой приговор над ним в пределах церковной ограды, которую осквернило бы осуждение на смертную казнь, а произносили его на площади, где происходило последнее действие аутодафе. Один из их докторов XIII века, цитируемый в XIV веке Бернаром Ги, так аргументирует это: «Цель Инквизиции — уничтожение ереси; ересь же не может быть уничтожена без уничтожения еретиков; а еретиков нельзя уничтожить, если не будут уничтожены также защитники и сторонники ереси, а это может быть достигнуто двумя способами: обращением их в истинную католическую веру или обращением их плоти в пепел, после того, как они будут выданы в руки светской власти».

Генри Чарльз Ли. История инквизиции в средние века. Т. 1. - СПб., 1911

Жертвы
Точное число людей, уничтоженных инквизицией в Европе и в колониях европейских стран, неизвестно, но можно предположить число в несколько сотен тысяч. Для примера приведем расчеты, которые дает испанский историк Хуан Антонио Льоренте в книге «История испанской инквизиции» для Испании в 1540-1700 годах. Расчеты Льоренте представляют собой оценку снизу:

Инквизиция начала действовать в Кордове в этом году. Вероятно, она осудила столько же человек, как и севильский трибунал в первый год своего существования. Однако я уменьшу это число в десять раз, чтобы не удаляться от принятой мною системы умеренности.

В 1-м томе этой Истории я увеличил эти выводы, потому что руководствовался другими принципами подсчета. Я думаю, что прежние цифры более приближаются к истине, чем теперешние. Но я счел долгом ограничиться более умеренным числом.

Мы находим в каждом трибунале восемь, четыре и сорок жертв ежегодно. Я мог бы неоспоримо увеличить этот подсчет указанием на то, что аутодафе Вальядолида, Севильи, Мурсии, Толедо и некоторых других трибуналов, справленные против лютеран, были крайне многочисленны и состояли из большого числа осужденных. Этот мотив не воспрепятствует мне, однако, ограничиться принятыми мною умеренными основаниями расчета.

По его расчетам, получается примерно 31 700 человек, сожженных в Испании, без учета её колоний. Эту 31 тысячу мы еще должны умножить на «скромность» Льоренте. К ней мы должны добавить соразмерное число умерших под пытками. Так что число 50 000 уничтоженных в Испании не будет преуменьшением. Чтобы оценить общее число жертв инквизиции в Европе, надо еще прибавить испанские колонии, а потом вспомнить про Германию, Францию, Фландрию и т.д. И тут счет пойдет уже на сотни тысяч:

Сосчитать число жертв инквизиции значит установить материально одну из самых могущественных и самых действительных причин уменьшения народонаселения Испании. В самом деле, если к нескольким миллионам жителей, которых инквизиторская система изъяла из королевства путем поголовного изгнания евреев, покоренных мавров и крещеных морисков, прибавить около полумиллиона семейств, совершенно уничтоженных казнями святого трибунала, то отсюда последует бесспорный вывод, что без существования этого трибунала и влияния его принципов в Испании насчитывалось бы на двенадцать миллионов человек больше против теперешнего населения, которое исчисляют в одиннадцать миллионов.

Если сравнить этот результат с 343 522 жертвами, каковое число я проставил в моем письме от 31 марта 1817 года к г. Клозелю де Кусерге, депутату департамента Двейрона в палате депутатов французской нации, можно заметить, что я уменьшил это число на две тысячи пятьсот один, из которых две тысячи четыреста семьдесят принадлежат к первому разряду осужденных, а тридцать один ко второму. Эта разница происходит оттого, что я поставил себе за правило при составлении этой Истории произвести самый умеренный подсчет, какой только мне позволят обстоятельства. Я могу уверить, что совершенно бессмысленно искать в каком-нибудь документе доказательство того, что мои расчеты преувеличены; наоборот, я убежден, что с 1481 года, когда начались казни, до конца царствования Филиппа II число жертв было гораздо более значительно, судя по заметкам, которые мне доставили трибуналы Толедо и Сарагосы, где число осужденных почти совпадает с числом жертв в других трибуналах.

Если бы я присоединил к числу жертв инквизиции полуострова всех несчастных, которые были осуждены трибуналами Мексики, Лимы и Картахены Американской, Сицилии, Орана, Мальты и морских галер, количество их было бы поистине неисчислимо. Было бы совсем другое дело, если бы мы считали жертвами святого трибунала (на что мы имели бы право) все души, обреченные на бедствия вследствие насильственных попыток ввести инквизицию в Неаполе, Милане и Фландрии, так как все эти страны были подчинены испанскому господству и, следовательно, влиянию испанских аутодафе. Сколько можно бы еще счесть жертв, умерших от болезней, причиненных несчастием позора, которым были заклеймены их родственники! Невозможно определить меру стольких несчастий и бед.

Под жертвами Льоренте подразумевает всех, как сказали бы в наше время, репрессированных: жертвы первого разряда — сожжённые заживо (также называется «релаксация»), жертвы второго разряда — сожжённые фигурально (до казни либо умерли под пытками или своей смертью, либо сбежали), жертвы третьего разряда — так называемые примиренные: тюрьма, конфискация имущества и т. д.

Основные исторические этапы
Хронологически историю инквизиции можно подразделить на три этапа 1) додоминиканский (преследования еретиков до XII в.) 2) доминиканский (со времени Тулузского собора 1229 г.) 3) испанская инквизиция. В 1-м периоде суд над еретиками составлял часть функций епископской власти, а преследование их имело временный и случайный характер; во 2-м создаются постоянные инквизиционные трибуналы, находящиеся в специальном ведении доминиканских монахов; в З-м инквизиционная система тесно связывается с интересами монархической централизации в Испании и притязаниями ее государей на политическую и религиозную супрематию в Европе, сперва служа орудием борьбы против мавров и евреев, а потом, вместе с Иезуитским орденом, являясь боевою силою католической реакции XVI в. против протестантизма.